A infecção ocorre quando as bactérias que estão na boca (por causa de uma periodontite ou uma grande cárie, por exemplo) migram para o coração, por meio do sangue. Gabriela de Angelis afirma que uma profilaxia dos dentes, como o tratamento do canal ou da periodontite, antes de um procedimento cardíaco, reduz muito o risco de o paciente adquirir a endocardite. No Incor (Instituto do Coração) e no Instituto Dante Pazzanese, por exemplo, o trabalho de dentistas e cardiologistas na redução dos riscos da endocardite é feito de forma conjunta.